這樣的情況持續到1979年底，美麗島事件爆發了。有關的黨外人士紛紛被捕入獄，國民黨也堅守立場，不肯讓步。臺灣的黨外運動一時間被強制鎮壓，但在社會上，不平的怨氣蔓延，朝野間的對立態勢，不減反增。不論是執政黨或在野人士都因此事而互相猜忌懷疑，將「溝通」當作「投降」，並也對兩方曾經派出做溝通要員的梁肅戎與康寧祥有所不滿，致使對立的程度再度激化。

　　吳三連作為社會名望極高者，是國民黨與黨外陣營都能信任的公正人士，在這時期的朝野溝通扮演有極為重要的角色。根據張炎憲的研究指出，美麗島事件爆發後，吳三連數次晉見蔣經國，向其轉達海外知識分子與黨外人士的心聲，並表明美麗島事件實屬軍警未暴先鎮，直言事件「彷彿是第二次228事件」。蔣經國對待美麗島事件的態度會開始轉變，此建言的刺激也是原因之一。雖然吳三連於日記中往往以較為隱晦的方式記錄，並未詳細寫下交談的內容，但從時間及共同與談的成員來看，可說是吳三連在事件裡居中協調的有力證據。

　　在美麗島大審過後，吳三連於當年的年末受邀請加入「團結自強協會」擔任副理事長，並因理事長端木愷長期臥病而代理其職，後於1984年真除。吳三連長年操理團結自強協會會務，除推展如「梅花餐」等團結自強的節約運動外，最主要的工作便是進行朝野溝通，不管國內或海外，吳三連皆有所出力。

　　從日記中，我們時能見到吳三連描述到自己在環球水泥辦公室中批示團結自強協會的相關公文，並且也能見到其以團結自強協會（代）理事長的身分出席各樣公開場合或宴會，對於會務的經營是十分費心。同時，吳三連利用團結自強協會「鞏固海外華僑對中華民國的認同與支持」之會務，積極的協助海外異議人士返國，以此為由與國民黨政府溝通，使許多海外人士得以返鄉看看，並讓歸國的海外人士能夠安全離境。吳三連日記中，便有一段記載是關於一對華僑學人夫婦在團結自強協會的協助下返台，吳氏陪同兩人出席餐宴，然發現餐宴上的其他賓客皆可能是前來監視之特務。這也顯示出其雖然身為團結自強協會理事長，在許多政治事務的運作上仍然有遭遇困難與危險。

　　在吳三連的運作下，團結自強協會成為了一扇能夠接入海外異議人士返台的窗口，但吳三連在其中的工作並不只如此。在美麗島事件爆發後，美麗島事件受難者家屬如周清玉、許榮淑等人經常登門拜訪，請託吳三連協助與政府溝通。此些紀錄在日記裡均能看到，甚至吳三連曾進入監獄內探視美麗島受刑人，並在會面期間得知監獄內的狀況。吳三連透過「團結自強協會」此一機構與其政治人脈，以機構的名義及個人名義，向主管機關或有力人士建議改善，進而達到維護受刑人人權的目的。除美麗島事件，1981年之陳文成案、1983年之盧修一案，吳三連亦都鼎力相助，並在與政府溝通、爭取外，也堅定立場不向國民黨方面的壓力妥協，使其主持的《自立晚報》能對這些事件作出詳盡的報導與批判。

　　吳三連晚年的政治活動，除因自身的社會名望而受邀出席各種場合外，絕大多數與團結自強協會有關，如：代表團結自強協會出席總統府新年升旗、以團結自強協會理事長身分參加國父紀念月會等，並也以團結自強協會為根基，使其成為了國民黨與黨外勢力協調溝通的中介，是在美麗島事件爆發後，維繫黨外政治運動生機、緩和朝野對立程度的重要存在。